تظل جامعة أم القرى، رغم حداثة قيامها في هيئتها وترسيمها الحالي، من أكثر الجامعات تميزًا بحكم موقعها وعراقتها. فقد برزت جامعة ام القرى، كمؤسسة أكاديمية ذات سمعة علمية كبيرة في علوم الشريعة والتربية والدراسات الإسلامية، علاوة على التخصصات العلمية والتطبيقية الحديثة. وقد مرت جامعة أم القرى منذ إنشاء أولى كلياتها بثلاث مراحل تاريخية:
المرحلة الأولى (1369-1391هـ):
تعود الانطلاقة الأولى ل جامعة ام القرى إلى العام 1369هـ عندما أُسست كلية الشريعة كأول صرح في التعليم العالي بمفهومه الحديث في المملكة العربية السعودية، وفي عام 1372هـ، تم إنشاء معهد للمعلمين باسم "كلية المعلمين" استمرت إلى عام 1379ه، ثم أسندت مهمة إعداد المعلمين لكلية الشريعة عام 1381هـ، وسميت كلية الشريعة والتربية، وفي عام 1382هـ أُنشئت كلية التربية بمكة المكرمة مستقلة عن كلية الشريعة.
المرحلة الثانية (1391-1401هـ):
هي مرحلة انضمام كليتي الشريعة والتربية إلى جامعة الملك عبد العزيز بجدة، وتم في نهاية هذه المرحلة افتتاح كلية التربية بالطائف، وإضافة أقسام علمية جديدة، وإنشاء عدد من المراكز العلمية.
المرحلة الثالثة (جامعة أم القرى):
أصبحت الجامعة تقدم مختلف أنواع التخصصات، وتمنح درجات البكالوريوس والدبلوم العالي والماجستير والدكتوراه في علوم الشريعة واللغة العربية والتربية، والعلوم الاجتماعية والتطبيقية والطب والهندسة. وتضم الجامعة من الطلاب نحو ثلاثين ألف طالب وطالبة في مقر الجامعة بمكة. وفي عام 1414هـ، انتقلت إلى المباني الجديدة في العابدية كلية الشريعة والدراسات الإسلامية، وهي الكلية الرائدة في العلوم الشرعية، وذات الاعتماد الأكاديمي من رابطة العالم الإسلامي، وكلية الهندسة والعمارة الإسلامية، واحتلت كلية اللغة العربية مبنى ملحقاً ثم انتقلت إلى مبنى آخر في نهاية 1420هـ. وعند إنشاء كلية الطب والعلوم الطبية في عام 1417هـ ألحقت بمبنى كلية الهندسة والعمارة الإسلامية بصفة مؤقتة، ثم استقلت بمبناها الجديد الذي أنجزت المرحلة الأولى منه في وقت قياسي. وتتوزع مقرات الجامعة حالياً وكلياتها على ثلاثة مواقع في مكة المكرمة هي العزيزية، وبها مباني الإدارة العامة والعمادات المساندة، وبعض الكليات، ومعهد خادم الحرمين الشريفين لأبحاث الحج والعمرة، وكلية خدمة المجتمع، ومعهد البحوث العلمية. والمقر الثاني بالزاهر يضم عمادة الدراسات الجامعية للطالبات ومباني كلياتها ومرافقها، بالإضافة إلى المدينة الجديدة في العابدية.
